福建农林大学有四个校区，分别为金山校区、旗山校区、安溪茶学院校区和南平校区。
1.金山校区：这个校区位于福州市仓山区洪山桥上店路15号，是福建农林大学的主校区，校园环境优美，交通便利，学习资源充足，大部分专业的学生都在这里读。其中较为出名的是这个校区有13个食堂，菜系多元，深得师生欢迎。
2.旗山校区：位于福州市闽侯县溪源宫路63号。就读于此的有土木工程、交通工程、轻化工程等专业的学子。这个校区相对较小，但是环境较好，虽离市中心较远，但离大学城其他学校较近，方便学术交流和资源共享。
3.安溪校区：位于泉州市安溪县东二环路中国茶博汇北米。茶学，商务经济学、会计、管理科学等专业的学生都在这里就读。安溪茶学院是学校的二级学院，与其他学院不同的是，茶学院有自己的独立校区，也就是安溪校区。这个校区相对安静，有点小偏僻，但也有共享单车和公交车到达市区，而且离泉州厦门一个小时左右的车程，方便学生闲时游玩。
4.南平校区：位于福建省南平市延平区西芹镇，是有些实习生的实习基地。
